La presencia de los capuchinos en Alsasua se remonta a 1905, cuando se fundó aquí un Seminario Menor que preparó a sacerdotes y misioneros de la Orden hasta su clausura en 1988.

La iglesia del Convento fue finalizada y consagrada en 1913.

Se trata de un templo de reducidas dimensiones y muy austera fábrica, con única planta de tramo corto, cabecera recta, tejado de dos aguas y una fachada irregular en la que se proyecta, en la parte inferior, un vestíbulo de acceso en forma de punta de diamante, el cual sostiene un sencillo balcón sin acceso; la fachada se remata en su parte superior con una discreta espadaña.

Se trata de un edificio funcional y sin apenas elementos decorativos, aunque por sus vanos de arco apuntado y los pináculos que rematan el frontispicio podría hablarse de un vago estilo neogótico.

El mobiliario que contiene la iglesia consiste en tallas religiosas de factura moderna.