Murió en 1651 y fue sepultada en la iglesia vieja, dejando ya terminada la capilla mayor del nuevo templo.
Estas lo han mantenido como colegio hasta bien entrado el siglo XX, en que se trasladó a un edificio en la Huerta del Rey.
En 1537 el arquitecto Fernando de Entrambasaguas percibía diversas cantidades por los pilares y arcos del claustro.
Los antepechos dibujan tracería calada, gótica, arcaizante para la fecha en que esta labor se hace.
Señala Martí y Monsó[cita requerida] que el arquitecto Francisco de Mora intervendría en la obra del "pórtico" desde 1593.
Esta portada, tan clasicista, es lo único que en el edificio actual puede señalar su participación.
La fachada no se ofrece a la calle Santiago, sino en el típico "compás" interior.