La organización fue constituida oficialmente en 1993 en una conferencia celebrado en la ciudad de Antigua, Guatemala.
Asimismo, una segunda reunión fue efectuada en 1959 en Oakland, California y una tercera en 1963, en Cambridge, Inglaterra.
Durante las tres décadas siguientes efectuaron otras once reuniones informales, hasta su constitución definitiva en 1993. con representantes de los 5 continentes.
El Concilio tenía treinta iglesias participantes a principios de 2007.
Los delegados del CLI se reúnen en Conferencia (máxima instancia resolutiva de la organización) cada dos años.