Además, busca favorecer los intercambios entre los territorios y los actores ubicados en el macizo pirenaico, tratar conjuntamente sus problemas y buscar soluciones comunes y poner en práctica acciones transfronterizas.
El consorcio es, además, la autoridad de gestión del Programa Operativo de Cooperación Territorial España-Francia-Andorra (POCTEFA 2007-2013) y vuelve a ser autoridad de gestión del programa Interreg VA España-Francia-Andorra (POCTEFA 2014-2020), que programan fondos FEDER.
Cada miembro de la CTP ejerce por turnos de dos años su presidencia, cuya función principal es la representación del consorcio.
Cuenta igualmente con una Secretaría General, encargada de preparar las reuniones y realizar el seguimiento de la situación de la CTP; una Asamblea General, que se reúne una vez al año, y un Comité Ejecutivo.
La CTP creó también el Observatorio Pirenaico del Cambio Climático (OPCC) en 2010 con el objetivo de comprender mejor las consecuencias del cambio climático y reflexionar sobre cómo adaptarse a estos efectos.