Los equipos de los Cougars participan en las competiciones universitarias organizadas por la NCAA, y forman parte de la Coastal Athletic Association, excepto los equipos de voleibol de playa, vela y equitación (los dos últimos de los cuales no están sancionados por la NCAA), que compiten en la Sun Belt Conference, la ICSA y la IHSA respectivamente.

Los Cougars tiene 20 equipos oficiales, 8 masculinos y 12 femeninos: Sus equipos más exitosos son los de vela, que han ganado el Trofeo Leonard M. Fowle en 9 ocasiones (1986, 1988, 1998, 2007, 2012, 2015, 2017, 2018 y 2021), además de campeonatos nacionales en las siguientes categorías: Cinco de sus regatistas han sido elegidos regatistas universitarios del año: Una de sus regatistas han sido elegida regatista universitaria del año: El equipo masculino de baloncesto es el más popular de la universidad.

Además, han llegado al torneo de postemporada de la NCAA en 7 ocasiones (1994, 1997, 1998, 1999, 2018, 2023 y 2024).

Solamente dos jugadores de Charleston han llegado a la NBA,[1]​ los bases Anthony Johnson y Andrew Goudelock.

También es de destacar Dontaye Draper, base que ha hecho carrera en Europa.