La asamblea departamental causó la clausura del colegio y, debido a esto, se fundó la junta pro-colegio en 1938.

En la sede de Sotomayor se encuentra el Auditorio Carlos Ardila Lülle, inaugurado en el 2015 y nombrado en honor a este notable egresado claveriano.

Las selecciones deportivas del colegio incluyen fútbol, baloncesto, tenis de mesa, voleibol, natación y microfútbol.

Villa Loyola también cuenta con casa de retiros con acomodación nocturna grupal, piscina y zonas campestres.

El equipo de robótica del colegio, dirigido por el reconocido profesor Luis Gabriel Sandoval, ha representado a Colombia en competencias internacionales, ganando el World Automation Competition llevado a cabo en México en el 2013, el "Support Awards" durante el World Vex Robotic's Competition, y el "Team Spirit Award" en Anaheim, California, Estados Unidos.