A pesar de no haber ganado torneos federales, Colón tiene una buena historia en el basquetbol uruguayo, con buenas participaciones entre el 1954 y el 1958, siempre estando presente en el podio de los mejores equipos del torneo.
Después de su descenso en el 1962, no se ha vuelto a destacar entre los principales equipos del país.
En 2017, Colón queda comprometido con la zona del descenso y debe disputar un playoff para permanecer en segunda.
En este, vence a Marne por 2-0 (serie en la que comienza 1-0 arriba por su posición en la tabla).
El Colón Fútbol Club juega sus partidos de local en su gimnasio de la Avenida San Martín esquina Fomento, donde también se encuentra la sede del club.