El primer partido de fútbol femenino como disciplina amateur de Estudiantes se disputó en 1997, temporada desde la que participa ininterrumpidamente en los torneos oficiales organizados por la AFA.

[3]​ El equipo tuvo su mejor participación histórica en el Torneo Apertura 2011, cuando logró el subcampeonato detrás de Boca Juniors.

Grisel Yanacón, Micaela Sandoval, Evangelina Alfano, Daiana Ollivier, Ruth Bravo y Laura Sampedro, a su vez, son las futbolistas del club que alguna vez han sido internacionales con la Selección Femenina Argentina a lo largo de los años.

[4]​[5]​ El equipo de fútbol femenino mantiene históricas rivalidades con su clásico de ciudad, Gimnasia y Esgrima, disciplina en la que el fútbol masculino se enfrenta desde 1916.

Fuentes:[10]​ La competencia AFA oficial comenzó a disputarse desde 1991, Estudiantes participa por primera vez en el año 1997 y desde entonces disputa ininterrumpidamente los torneos oficiales organizados por la AFA.