La negativa de la FCF a aceptar su afiliación impidió que el club compitiera hasta la temporada 1940/41, cuando inició su participación en la actual Tercera Catalana.

No existen documentos que detallen la historia del CE El Catllar entre las décadas de 1950 y 1990.

Además, el crecimiento del club también se ha reflejado en su fútbol base.

Esto ha sido posible gracias a la profesionalización de la estructura formativa, impulsada por la actual junta directiva encabezada por Francesc Armengol.

Una muestra de ello es su equipo filial, rescatado por la junta directiva, el cual ha servido durante años para que los jugadores del club puedan continuar en la entidad tras finalizar su etapa de formación.