Se mantuvo hasta 1998, donde perdió la categoría en un partido extra contra Virgen de Chapi.

Para el 2011 estuvo jugando en la Segunda División de esa liga hasta 2016, que logró el retorno a la Primera Distrital.

El club fue eliminado durante la segunda fase, por Atlético Tornado de Ate-Vitarte por 2 - 1 en el primer partido y empatando 2 - 2 en el vuelta.

El Deportivo Zúñiga logra clasificar como mejor tercer puesto y accede a las Interligas de Lima 2022.

En la edición 2023 de la liga, el Deportivo Zúñiga pierde en la primera fecha[1]​ por 0-1 contra Athletic Balz, en el grupo B.

[3]​ En la cuarta fecha[4]​ de la liga, el Deportivo Zúñiga gana por goleada 7-0 frente Alianza Santa Cruz.

Al final el Deportivo Zúñiga campeona en la Serie B[5]​ y clasifica a las Interligas 2023.

En el mismo año se afilia en la segunda división distrital de La Molina, ante la ausencia del Deportivo Zúñiga FC.