Fue fundado en 1972[1] y juega sus encuentros como local en el Campo Municipal de El Doctoral.
Pese ha ello el CD San Pedro Mártir ha pasado casi toda su existencia en el fútbol regional y los enfrentamientos con clubs de su municipio no han sido muchos.
Pese ha ello en los últimos años se ha coincidido en el Estrella Club de Fútbol tanto en Preferente como en 3.ª División aumentando el pique entre ambos.
Para la temporada 2012/13 con el descenso de la Unión Deportiva Vecindario desde 2.ª División B a Tercera División en esta última categoría estarán los tres equipos del municipio siendo una campaña histórica en cuanto a derbis se refiere.
Esa misma temporada el equipo se retira de la competición tras apenas completar dieciséis jornadas.