Luego de dos años, el club fue invitado a participar del nuevo Regional Oriente de la Primera División, junto a CNI, Chacarita Versalles, Deportivo Hospital, Unión Tarapoto y Atlético Belén.

En la primera categoría, San Martín no logró superar el Regional Oriente y el año 1991, con el fin de los Campeonatos Regionales, descendió a su liga de origen.

El año 1998, San Martín clasificó a la etapa regional de la Copa Perú, junto a CNI, La Loretana y Hospital Rural, en ese torneo quedó último con 4 puntos y fue eliminado.

El año 2009, San Martín se ubicó en la décima casilla de la Liga de Callería, por lo que tuvo que jugar la liguilla por el descenso.

En la misma tampoco tuvo suerte y descendió a la Segunda División de Callería.