Fue fundado en 1929 y juega actualmente en la Tercera División española (Grupo VII).
El equipo jugó sus primeros partidos contra otros conjuntos de la comarca en un erial cercano al Colegio del Marqués de la Valdivia, conocido como La granja Valdevibar, para trasladarse unos años después a un nuevo campo llamado de la Huerta Chica.
[3] En la siguiente década el club ganó su primer trofeo al derrotar al CD Ciempozuelos en la primera Copa de la Comunidad de Madrid.
Desde ese momento el club ha jugado en Tercera División, exceptuando cuatro temporadas que lo hizo en Preferente.
En la temporada 2006-07, el San Fernando terminó tercero en la temporada regular, lo que le permitió jugar por primera vez en su historia los play-offs de ascenso a Segunda División B, en los que fue eliminado en segunda ronda por el Club Deportivo Denia.