[12]​ En su primera incursión en la Segunda División de 2010 logró solo el puesto 12°, conservando la categoría por apenas un punto.

En 2011, sin embargo, alcanzó la tercera ubicación general y le faltó sólo un punto para ascender a Primera División; habiendo empatado en la última fecha.

La siguiente temporada sería la tercera y última antes de subir al máximo nivel paraguayo.

En el campeonato, tras una más o menos buena campaña, recién en la fecha 18° alcanzó por vez primera la segunda posición, de la cual ya no se movería.

La consagración se produjo cuando le ganó por la mínima diferencia en la penúltima fecha (29°) al club 29 de Septiembre ya descendido.

[10]​ Ya en la División de Honor, su primera temporada fue bastante buena, obteniendo el quinto lugar en la acumulativa del año y el tercero en el Torneo Clausura 2013.

[15]​ En la revancha en Uruguay, lograría un empate 2-2, lo que le valió el histórico pase a segunda ronda.

[16]​ El encuentro fue muy destacado internacionalmente debido también a las polémicas expresiones previas del jugador boquense Mariano Echeverría, quien dijo que sería "una catástrofe" eliminarse ante Capiatá.

La Libertadores 2017 El Deportivo Capiatá logró alcanzar el último cupo de los 4 que le correspondían a Paraguay.

En el partido vuelta y técnicamente dominando ambos tiempos del partido, El Club Deportivo Capiata consiguió lo que muchos creían o afirmaban imposible remontando la sería con un justo y contundente 0 a 3 a favor del club Paraguayo.

Sumó 39 puntos en 34 juegos que no le fueron suficientes y volvió a ser relegado.

Está ubicado en la ciudad del mismo nombre, en el Departamento Central y cuenta con una capacidad de 15 000 espectadores.