La división de futsal FIFA del Club Cerro Porteño representa al club en dicha disciplina.

De aquí el apodo "Los Dueños del Futsal".

En el 2016, Cerro Porteño se coronó campeón de la Copa Libertadores de Futsal, convirtiéndose en el primer equipo paraguayo y el primer equipo no brasilero en adjudicarse este certamen.

[3]​ También fue finalista de este certamen en las ediciones 2017 y 2019.

En la rama femenina el Club Cerro Porteño es bicampeón del Campeonato Femenino de Futsal, se corono en las ediciones 2018 y 2019.