Ese mismo año el equipo participa en el máximo nivel del baloncesto regional, la Segunda División.

Y en la segunda el equipo consiguió sorpresivamente quedar subcampeón del grupo canario por lo que se ganó el derecho a disputar una eliminatoria previa a la fase de ascenso al baloncesto nacional disputada esa temporada en Cádiz.

En la jornada 13 el CB Santa Cruz marchaba en puestos de play-off por tercer año consecutivo pero la dinámica se invertía y por primera vez el equipo pasaba apuros para salvar la categoría, en un descenso que llegó en la siguiente temporada tras luchar hasta el final por mantenerse en la categoría.

Tras varios años en 1ª División Autonómica, en la temporada 2021-22 tras quedar subcampeón en la fase final, consigue de nuevo el ascenso a la Liga EBA.

Solo pudo mantener la categoría durante una temporada, retornado a 1.ª División Autonómica en la que compite actualmente.