Los colores identificatorios del Club Atlético de San Francisco son el Rojo, Blanco y Azul.
El nuevo formato del logotipo que representa al Club Atlético San Francisco, se comenzó a utilizar en la temporada 2019.
La versión del Club Francomacorisano mantenía ciertas variantes, pero fue aconsejado a modificarlo y darle un aspecto más auténtico, además de justificar su diseño.
El escudo contiene dos partes bien denotadas impresas sobre un fondo de color blanco (Superior, Media e inferior unidas en si).
El tercio superior semejando quizás una especie de corona, contiene las iniciales del club "ASF" en color negro sobre el pleno blanco.