[1]​ En 2020 el equipo cambió la franquicia que se utilizaba para participar en la liga, pasando a jugar bajo el nombre de Atlético San Juan de Aragón.

[2]​ En el año 2021 el equipo fue invitado a participar en la Serie B de México, cuarta categoría profesional del país, esto debido a la buena actuación mostrada por el equipo en la Tercera División y a la negativa de los equipos que habían ganado su ascenso para tomar parte del circuito por motivos financieros o logísticos,[3]​ sin embargo, posteriormente el club declinó la invitación y se mantuvo en la última categoría del fútbol mexicano.

En la temporada 2022-23 el equipo realizó su mejor actuación histórica en la Tercera División, luego de finalizar como líder del grupo IV, eliminó en la liguilla de ascenso a los clubes Atlético Pachuca, Guerreros DD, Inter Playa del Carmen "B" y Estudiantes de Atlacomulco para conseguir su ascenso deportivo a la Segunda División[4]​[5]​ posteriormente, en la final de zona derrotó al equipo Artesanos Metepec, por lo que el Atlético Aragón conquistó el título de zona de la Liga TDP y su derecho a jugar la Serie A de México.

Tiene una capacidad de 5000 personas todas sentadas en las tribunas.

[9]​ Juan Pablo García Jonatan Flores Luis Fernando García Plantilla en la web oficial 1: Torneo suspendido por pandemia de COVID-19, sin embargo la liga consideró los registros como oficiales y quedaron guardados en las estadísticas.