En el también aparecen Jennifer, protagonista del Clock Tower original para Super Nintendo, y Hellen Maxwell.
Entre escenarios se da una intermisión, en la que el jugador deberá explorar la ciudad y reunir pistas antes de pasar al siguiente nivel.
Todo Noruega habla del asesino de las tijeras debido a la prensa sensacionalista.
Jennifer, ayudada por la psicóloga criminal Helen Maxwell deberá encontrar rápido la respuesta a dichas preguntas si quiere sobrevivir.
Ayudante del profesor Barton, Helen fue quién adoptó a Jennifer tras los acontecimientos de la Mansión Barrows en el primer Clock Tower, algo que, por desgracia, la convierte en el 2º objetivo del Hombre de las tijeras.
Es una persona tranquila y amable, su relación con Jennifer no es exactamente madre-hija, más bien es como si Helen fuera la hermana mayor de Jennifer, siempre se preocupa por ella y se asegura de que está bien en todo momento.
Es un hombre joven, dispuesto a lo que sea para averiguar el misterio de los brutales asesinatos.
El asistente del profesor Barton, que estudia psicología criminal y tiene una obsesión fija en Jennifer.
En el escenario final de Helen, lo encuentras escondido en la cocina, y le da a Helen una llave que te da el final C si la usas, o también puedes encontrarle decapitado, y su cabeza dentro de un cubo.
Parece un niño normal y amable, al que le encanta leer, y que en una de las versiones ayuda a Helen cuando se quedan atrapados en la biblioteca con Scissorman avisando a la policía, pero su verdadera identidad es descubierta por Helen/Jennifer al final de la historia.
Al igual que su predecesor, este juego cuenta con distintos finales dependiendo de a quien escogas (Jennifer o Helen).
En este final Jennifer encuentra el pasadizo subterráneo por la fuente del castillo Barrows con la ayuda de un mapa.
Ella y Nolan son atrapados en los restos del castillo después de que se derrumba.
Debajo de la fuente en el patio, Jennifer se encuentra a Edward, quien le dice que ha encontrado una salida.
Ella camina hacia la puerta que está detrás de él, pero antes de que ella pudiera llegar a la puerta, él la apuñala por la espalda, matándola, y su reflejo (Edward) se muestra en su sangre.
Jennifer está en su habitación escribiendo en su diario sobre cómo nunca se encontró la Estatua del demonio.
La siguiente escena después muestra a la reportera del final C de Jennifer, cubriendo el incidente.