La segunda parte de la misión (aproximarse al asteroide (1620) Geógrafo) tuvo que ser cancelada.
La construcción corrió a cargo del Naval Research Laboratory, que aportó al programa 15 instrumentos y sensores miniaturizados, destinados a la detección de posibles misiles en vuelo, y que posteriormente se pensó que además podían servir para estudiar la superficie lunar.
Con esta última idea en la mente de los diseñadores, que podía servir para financiar parte de los gastos del proyecto, evaluados en unos 87 millones de dólares, se decidió ofrecer a la NASA la sonda, que completó con 10 instrumentos más, incluyendo 6 cámaras que operaban en las bandas visible, infrarrojo y ultravioleta, así como un telémetro por láser infrarrojo.
La energía fue proporcionada por paneles solares capaces de suministrar 15 amperios-hora, 47-Wh/kg, con baterías (Ni-H) en recipientes a presión.
Con ello se podía establecer si realmente existían bolsas de agua en forma sólida ocultas en la superficie lunar.
Tras varias semanas de intentos infructuosos por recuperar la estabilidad de la sonda, se decidió emplear el motor principal para modificar la trayectoria y devolverla a una órbita terrestre.
La Clementine, ahora ya con los sensores desactivados, se mantiene en una órbita terrestre muy alargada, con un apogeo muy próximo a la distancia lunar.