Vargas fue firmado como amateur por los Marlins de Florida en 1995 a los 16 años e hizo su debut profesional con el equipo de los Marlins en la Dominican Summer League, donde jugó en 1996 y 1997.

Continuó lanzando en el sistema de los Marlins en 2001 con los equipos Kane County Cougars, Portland Sea Dogs y Calgary Cannons.

El 11 de julio de 2002, Vargas fue cambiado por los Marlins (junto con Wilton Guerrero, Cliff Floyd y dinero en efectivo) a los Expos de Montreal por Donald Levinski, Justin Wayne, Carl Pavano, Mike Mordecai y Graeme Lloyd.

Vargas fue designado para asignación en junio y pasó el resto de la temporada en las menores.

[4]​ Vargas lanzó en 28 juegos con los Cerveceros en el 2009, y terminó con 1-0 con una efectividad de 1.78.

Volvió a formar con los Cerveceros para la temporada 2010, apareciendo en 17 partidos con una efectividad de 7.32.