Debe notarse que los términos respiración aerobia, respiración anaerobia y fermentación no se refieren a la clasificación nutricional básica, sino que simplemente reflejan el diferente uso de los posibles receptores de electrones en el metabolismo energético de los organismos quimiotrofos, tales como O2 (respiración aerobia), NO3-, SO42- o fumarato (respiración anaerobia), o los intermediarios metabólicos intrínsecos (fermentación).
Algunos microorganismos eucariontes, sin embargo, no se limitan a un solo modo nutricional.
Por ejemplo, algunas algas viven fotoautotróficamente cuando hay luz, pero cambian a quimiorganotrofía en la oscuridad.
Incluso las plantas más evolucionadas han conservado su capacidad de utilizar por la noche heterotróficamente el almidón, que ha sido sintetizado fototróficamente durante el día.
Por ejemplo, las bacterias púrpuras del azufre y las cianobacterias son generalmente fotoautótrofas, mientras que las bacterias púrpuras no del azufre son fotoorganotrofas.