[3]​ De las 47 asociaciones nacionales afiliadas a la AFC 46 participaron en el proceso clasificatorio, la selección de las Islas Marianas del Norte no formaron parte del torneo ya que aún no es miembro afiliado a la FIFA.

Para determinar las selecciones que inician su participación en la primera ronda y las que ingresan en la segunda ronda se clasificaron a los equipos de acuerdo al ranking FIFA publicado el 8 de enero de 2015,[5]​ las doce selecciones con el ranking más bajo iniciaron en la primera ronda, el resto de equipos ingresaron en la segunda ronda.

[6]​ Entre paréntesis se indica el puesto de cada selección en el ranking FIFA tomado en consideración.

Por este motivo las selecciones pertenecientes a la AFC no estuvieron presentes en ese acto oficial de la FIFA.

Los dos mejores de cada grupo clasificarán directamente a la cita mundialista, en tanto los 2 mejores terceros se enfrentarán en partidos de ida y vuelta, para definir el participante en la repesca intercontinental contra el 4° mejor clasificado de la Concacaf.

En la segunda ronda ingresaron a la competición las 34 selecciones restantes las cuales, junto a las 6 selecciones procedentes de la ronda anterior, fueron distribuidas en 8 grupos de 5 equipos, cada equipo juega contra sus cuatro rivales de grupo en partidos de ida y vuelta con un sistema de todos contra todos.

Clasifican a la siguiente ronda los primeros de grupo y los 4 mejores segundos.

Clasifican a la Copa Mundial de Fútbol de 2018 los dos primeros lugares de cada grupo mientras que las selecciones que terminen en tercer lugar acceden a la cuarta ronda.

En la cuarta ronda los terceros lugares de la ronda anterior juegan en un play-off con partidos de ida y vuelta para determinar al equipo que clasifique a los play-offs intercontinentales.

Treinta y nueve selecciones, divididas en 7 grupos de 5 equipos y uno de 4 equipos, participan en esta ronda, seis procedentes de la ronda anterior y 33 que iniciaron su participación en esta instancia, los grupos quedaron conformados mediante un sorteo realizado el 14 de abril de 2015 en Kuala Lumpur, Malasia.

Indonesia fue descalificada por la FIFA antes de iniciar su participación en la segunda ronda.

Para definir a los cuatro mejores segundos se elabora una tabla solo con los segundos lugares de cada grupo, estos equipos son ordenados bajo los siguientes criterios: Como resultado de la exclusión de Indonesia por la suspensión de la FIFA a la Asociación de Fútbol de Indonesia el grupo F quedó reducido a 4 equipos y el segundo lugar de este grupo solo jugó 6 partidos en comparación a los 8 que jugaron los segundos lugares de todos los demás grupos.

Para equiparar esta situación y de acuerdo a la circular remitida por la AFC a las Asociaciones Miembro, el resultado de todos los segundos lugares (excepto el del grupo F) con el último clasificado de su grupo no se tomaron en cuenta al momento de elaborar la tabla de mejores segundos.

[51]​ Los 12 equipos clasificados serán reagrupados en 2 grupos de 6 equipos cada uno en donde los dos primeros lugares de cada grupo clasificarán al Mundial Rusia 2018 y los terceros lugares pasarán a la Cuarta ronda.

Los terceros lugares de los grupos A y B jugaron en partidos de ida y vuelta, la clasificación a la repesca.

Debido a los conflictos políticos y bélicos en Siria, el primer partido de este repechaje se jugó en cancha neutral en Malasia, donde sostuvo la mayoría de sus partidos durante la eliminatoria.

El vencedor, Australia, se enfrentó al cuarto clasificado de la Concacaf, también en partidos de ida y vuelta, para determinar la selección que debía disputar el mundial.