Muchos de los embriones mueren por abortos naturales o semanas antes del parto.
No obstante, la mayoría de los bebés con ciclopía que logran sobrevivir al parto presentan otros defectos graves que harían difícil su supervivencia, incluyendo graves malformaciones en el corazón.
En tales casos, la nariz y la boca no lograron formarse, o la nariz crece desde el paladar obstruyendo el flujo de aire, lo que resulta en la asfixia del animal poco después del nacimiento.
Problemas genéticos o toxinas pueden causar anomalías en el proceso de división del procencéfalo durante la fase embrionaria.
Una posible causa de ciclopía es una toxina que se encuentra en la planta Veratrum californicum.