[1] Durante la primera fase del conflicto, sirvió brevemente como Comandante en Jefe mientras el general Norman Schwarzkopf todavía estaba en los Estados Unidos.
Más tarde voló más de 70 misiones de combate como piloto del F-105 Wild Weasel, atrayendo deliberadamente fuego antiaéreo para identificar y destruir las defensas norvietnamitas.
[6] En 1963, fue reasignado a la 4.° Ala de Caza Táctico y la Base Seymor Johnson, donde voló el F-105.
A esto le siguió una asignación de tres años en el Pentágono y una asignación posterior en la Escuela Nacional de Guerra en Seymore Johnson AFB.
El comandante del TAC, general Wilbur L. Creech, siguió moviendo a Horner; que comandaba en cuatro bases diferentes, dos divisiones aéreas, el Centro de Armas de Defensa Aérea y finalmente la Novena Fuerza Aérea.