En 1999, fue remodelada para el servicio del Biotrén como estación terminal, para lo cual se remodeló su casa estación y se creó una boletería en Avenida Libertador Bernardo O'Higgins.
En 2005, se desmantela la casa estación, la bodega de carga, los andenes y boletería.
Se construye en el sector oriente un andén provisorio y se comienza a construir las nuevas boleterías y andenes, inaugurándose el 24 de noviembre de 2005.
Se construyeron en el sector oriente paraderos para la futura combinación con buses integradores.
Desde la década de 1990 la estación presta servicios entre Talcahuano, Concepción y Laja.