Charles Elton contrajo matrimonio con la poeta británica Edith Joy Scovell en 1937, y tuvieron dos hijos.

En 1921, cuando todavía no se había graduado, trabajó como asistente de Julian Huxley en una expedición a Spitsbergen.

Sus experiencias lo llevaron a asociarse con la Hudson's Bay Company, 1926-1931, la cual le permitió estudiar las fluctuaciones en las poblaciones de las especies animales que sufrían la caza por su pelaje.

A principios de su carrera, Elton se vio fuertemente influenciado por Alexander Carr-Saunders, Victor Ernest Shelford y Gordon Hewitt.

En el mismo año, se fundó el Periódico de Ecología Animal y Elton pasó a ser su primer editor.

Durante la Segunda Guerra Mundial el Bureau of Animal Population se dedicó a buscar métodos eficientes para el control de las ratas, los ratones y los conejos, trabajando en conjunto con el Agricultural Research Council.