A los 13 años ingresó en la Marina Real británica de Portsmouth y se convirtió allí en cadete.

Durante la guerra de los Siete Años Clerke sirvió en el Dorsetshire y el Bellona.

De 1764 a 1766 navegó alrededor del mundo en el Dolphin bajo el mando del capitán John Byron, durante el cual se descubrieron muchas islas para Europa.

[1]​[2]​ En el primer viaje de James Cook (1768-1771), Clerke fue guardiamarina en el barco HMB Endeavour.

[3]​ Después de que James Cook fuera apuñalado hasta la muerte por nativos en Hawái en 1779, Clerke tomó el mando del Resolution y de toda la expedición y navegó hacia el norte para buscar el paso del océano Ártico al océano Atlántico (véase paso del Noroeste).