En un segundo período (1986-1989), desarrolla una reflexión interna buscando realizar una “labor sistemática y articulada a procesos sociales de repercusión estructural”.

Sobre estos últimos se cuestiona, en ese momento, si la defensa y promoción de los derechos laborales era la respuesta para “colectivos con historia, lengua y formas de organización propias”.

En 1990, luego de la Marcha Indígena por el Territorio y la Dignidad, el CEJIS se concentra en la problemática indígena y campesina, orientando el asesoramiento jurídico al ejercicio de los derechos territoriales.

Así, promueve y participa activamente en el proceso constituyente que culminó con la aprobación de una nueva Constitución Política del Estado en 2009.

Además de tres oficinas regionales en Santa Cruz, Trinidad y Riberalta.