Fue fundado en Manno, cantón de Tesino (Ticino), en 1991.
En marzo de 2012, el CSCS se trasladó a su nueva ubicación en Lugano-Cornaredo.
La función principal del Centro Nacional de Supercomputación suizo es el llamado Laboratorio Nacional de usuarios.
Además, el centro cuenta con instalaciones informáticas dedicadas para proyectos de investigación específicos y mandatos nacionales, por ejemplo, pronóstico del tiempo.
CSCS es una unidad autónoma del Instituto Federal Suizo de Tecnología en Zúrich (ETH Zúrich) y colabora estrechamente con el Universidad local de Lugano (USI).