La Iglesia de San Francisco presenta un estilo fiel al barroco rococó y es considerado el más importante monumento histórico-artístico religioso, dentro del conjunto de que forma parte.

El proyecto original es de autoría del fray Francisco dos Santos y las principales obras fueron concluidas, en 1591.

Con la invasión holandesa el convento fue dañado y, en 1636, los frailes fueron expulsados y allí instalado un puesto militar, pues su ubicación era estratégica : dominando todo el Valle del Sanhauá, extendiéndose por el río Paraíba hasta Cabedelo.

El adro, en plano inclinado, está rodeado por muro revestido de azulejos que contiene seis nichos con escenas del Vía Crucis.

El crucero está formado por cruz monolítica, con pedestal presentando figuras de pelícanos o el ave mitológica Fénix, "representando a Cristo alimentando a los hijos con su propia comida y la resurrección".