La institución es responsable de prevenir la transmisión sexual, sanguínea y perinatal del VIH, así como de promover acciones para la adecuada atención médica y de apoyo psicológico para las personas infectadas y fomentar actividades de investigación que ayuden a conocer las características epidemiológicas, biomédicas y psicosociales de la enfermedad.
Su misión consiste en promover la "prevención y el control de la epidemia del SIDA, mediante políticas públicas, promoción de la salud sexual y otras estrategias basadas en la evidencia para disminuir la transmisión del VIH e ITS y mejorar la calidad de vida de las personas afectadas, en un marco de respeto a los derechos de toda la población".
(CENSIDA, 2010) A partir del 2002, el CENSIDA se consolida en un programa que logra una "clara tendencia a la disminución de la prevalencia del VIH e ITS, con acceso a los servicios de prevención y la mayoría de la población con prácticas sexuales seguras; las personas afectadas acceden a la atención integral de alta calidad, sustentable, eficiente en ambientes libres de estigma y discriminación; con participación multisectorial y de la sociedad civil, bajo la rectoría de la Secretaria de Salud".
(CENSIDA, 2010) El Centro Nacional para la Prevención y el Control del VIH/SIDA, hace suyos los valores de la Secretaría de Salud, que fundamentan el código de conducta del personal de la misma Secretaría consistentes en: CONASIDA, (2010) Norma Oficial Mexicana NOM-010-SSA2-2010, Para la prevención y el control de la infección por Virus de la Inmunodeficiencia Humana.
Recuperado de http://unesdoc.unesco.org/images/0012/001264/126403s.pdf «CENSIDA».