Cayos de San Felipe

[3]​ El clima del parque está clasificado como "sabana tropical", con temperaturas cálidas constantes durante todo el año.[4]​ El parque no tiene mucha superficie en tierra, por lo que los ecosistemas presentes son en su mayoría semiacuáticos o totalmente acuáticos.Los pastos marinos son plantas con flores que crecen en aguas costeras poco profundas.Las praderas marinas también ayudan a estabilizar los sedimentos, mejoran la calidad del agua y contribuyen al almacenamiento de carbono.También ayudan a proteger las zonas costeras de la erosión y los daños causados por las tormentas.Las algas marinas son de gran tamaño y se pueden encontrar adheridas a sustratos o flotando libremente en el agua.Estas plantas marinas contribuyen colectivamente a la biodiversidad general y al funcionamiento ecológico del Parque Nacional Los Cayos de San Felipe.Los crustáceos, los macabíes y los sábalos son algunas de las otras especies marinas que se encuentran en el parque.Las iguanas verdes y otras especies de iguanas se encuentran a menudo en hábitats tropicales, incluidas las zonas costeras y las islas clave como las del Parque Nacional Los Cayos de San Felipe.Son reptiles herbívoros que se pueden ver tomando el sol o buscando vegetación.Los anoles son un grupo diverso de pequeñas lagartijas que se encuentran comúnmente en la región del Caribe, incluida Cuba.Estos mamíferos nocturnos se pueden encontrar descansando en cuevas, árboles y otros lugares protegidos.Varios esfuerzos se están realizando para preservar y proteger los ecosistemas únicos presentes en el parque.