En 1596, los jesuitas establecieron la iglesia y se convirtió en su residencia por algún tiempo.

[5]​ Más tarde fue administrada por los agustinos en 1768 y luego por los franciscanos en 1843.

Manuel Mascariñas se convirtió en su primer obispo.

Durante la Segunda Guerra Mundial, las fuerzas militares estadounidenses utilizaron la iglesia como un hospital.

En noviembre de 2013, la catedral fue dañada por el tifón Haiyan.