Los padres jesuitas llegaron a la colonia francesa de Pondicherry como misioneros en 1689.
Allí se compraron un jardín muy grande al oeste de la fortaleza francesa.
Desde 1728 hasta 1736 una gran iglesia fue construida en el sitio de la actual Catedral.
Esta tercera iglesia fue arrasada por los británicos en 1761 durante la Guerra de los Siete Años.
La explanada delante de la catedral fue remodelada en 1987, para permitir a la gente a participar en las ceremonias litúrgicas y funciones especiales que se realizan al aire libre.