Shortland nació en Temora, Nueva Gales del Sur .

Se graduó de la Escuela Australiana de Cine, Televisión y Radio , donde recibió el premio Southern Star Award como estudiante más prometedora.

Shortland ha creado varios cortometrajes premiados: Strap on Olympia (1995); Pentuphouse (1998); Niña de las flores (2000); y Joy (2000).

Fue seleccionada como la inscripta australiana para el Oscar a la Mejor Lengua Extranjera en la 85.ª edición de los Premios de la Academia , pero no llegó a la lista final.

Se casó con el cineasta Tony Krawitz en 2009,  y tienen dos hijos adoptados.