Alfajarín y su castillo se rindieron ante el avance cristiano (1119) tras la reconquista de Zaragoza por Alfonso I el Batallador en 1118, pero poco después volvió a manos musulmanas y en 1131 tuvo que volver a tomarlo el rey Alfonso, poniendo como tenente a Fortún Galíndez.
Con posterioridad el castillo quedó abandonado y comenzó un proceso de ruina.
El castillo está relacionado en mayor o menor medida con otras edificaciones de Alfajarín.
Poco después de la conquista se consagraría como iglesia dedicada a Santa María, ampliándose por la cabecera hacia comienzos del s. XIII con un ábside románico.
El proceso pudo ocurrir con la iglesia del entonces barrio de San Miguel, convertida en la actual parroquia.
[3] La fortaleza se sitúa sobre un espolón rocoso sobre la ribera del Ebro, defendido por los lados norte y este por acantilados naturales y en el resto se construyó un foso defensivo para proteger la entrada teniendo acceso con puente levadizo protegido con dos torres.
Posee dos puertas y una ventana en arco apuntado situadas en la cara que mira al interior del recinto.