Nacido en San Fernando el 10 de noviembre de 1821,[b]​ era hijo de Francisco-Antonio Marfori y Rodi[2]​[6]​ —un noble italiano emigrado que falleció cuando Carlos Marfori era todavía joven—[5]​ y María-Josefa Callejas y Pavón.

[6]​ Pariente del general Narváez,[7]​ por matrimonio con su prima María de la Concepción Fernández de Córdoba y Campos.

[3]​[14]​ Marfori ha sido descrito como «uno de los más cercanos consejeros de la reina Isabel».

[15]​[16]​ En este sentido, Marfori fue uno de los protagonistas de Los Borbones en pelota, una serie de láminas satíricas del siglo XIX, en las que se caricaturizaba a distintos miembros de la Corte de la reina, donde Marfori aparece representado en varias ilustraciones de carácter pornográfico, junto al rey consorte Francisco de Asís, el religioso Antonio María Claret y la monja sor Patrocinio.

[18]​ Tras el triunfo de la revolución del 68, marchó al exilio, del que retornaría con la Restauración.