En 1970 emigra al club del que era hincha, Deportivo Municipal donde juega dos temporadas, compartiendo equipo con figuras como Hugo Sotil, Oscar Montalvo, Nemesio Mosquera, entre otros.

Con la oncena llanera ganó cuatro títulos, dos copas Venezuela, un subcampeonato y vio acción en cinco Copas Libertadores de América, competencia en las que marcó once anotaciones para convertirse junto a Pedro Pascual Peralta (12), como los máximos artilleros representando a clubes criollos en este certamen.

Núñez es sinónimo de prestigio y calidad al igual que lo fueron luminarias como Jairzinho, Nelson Marcenaro, Luis Mendoza, Richard Páez, Ramón Echenausi, compañeros que llevaron a lo más alto al Portuguesa, nacionalmente como internacionalmente.

[4]​ Su último rastro como futbolista profesional fue en 1983, año en que regresa a Venezuela para retirarse en la pandilla rojinegra.

En total fabricó 54 goles en su trayectoria con los acarigueños, convirtiéndose en uno de los máximos referentes históricos.