Licenciado en Ciencias Biológicas Universidad de Granada en 1973 y doctorado en la misma un año más tarde.

Profesor adjunto en la Universidad Autónoma de Madrid desde 1973-1978.

En el año 2007 pasa a formar parte del primer Comité de Bioética de España, como vicepresidente del mismo.

Este comité emitió en su día una opinión favorable al borrador de la Ley Orgánica de Salud Sexual y Reproductiva e Interrupción Voluntaria del Embarazo.

Posteriormente, el profesor Carlos Alonso ha manifestado que, independientemente de que la Ley supusiese un avance respecto a la normativa preexistente, el aborto es éticamente inaceptable, tanto si se realiza en un sistema de indicaciones como de plazos.