Carlos Aguilera inició su carrera como entrenador en las categorías inferiores del Burgos Club de Fútbol Promesas, tras ser jugador durante diez temporadas formado en los escalafones del club burgalés.
En la temporada 2017-18, dirige al juvenil "A" del Burgos Club de Fútbol Promesas.
En la temporada 2018-19, firma como entrenador del Burgos Club de Fútbol Promesas de la Tercera División de España, al que dirige durante dos temporadas.
[2] El 5 de junio de 2021, logra el ascenso a la Segunda Federación, tras vencer al Club Deportivo Mirandés "B".
[3] En la temporada 2021-22, dirige al Burgos Club de Fútbol Promesas en la Segunda Federación.