El equipo castillista empezó la temporada con Zinedine Zidane en el banquillo, pero terminaron bajo las órdenes de Luis Miguel Ramis durante ésta campaña.
Carlos fue el portero titular en los partidos de playoffs contra el UCAM Murcia y el Club Lleida Esportiu, quedando eliminados de la lucha por el ascenso, tras perder tres partidos y empatar solo uno.
[6] A pesar del mal resultado, Carlos fue titular en un total de 45 partidos durante ese año.
El año siguiente, en la temporada 2016-2017, el Real Madrid Castilla cambió de entrenador, siendo Santiago Solari el nuevo míster del equipo.
[8] La jornada 35 fue la última que disputó Carlos como portero del Real Madrid Castilla, jugando en casa frente a la Unión Deportiva San Sebastián de los Reyes, quedándose en el banquillo en los tres últimos partidos de la competición.
El Castilla, durante esa temporada, quedó undécimo en la clasificación, con un total de 51 puntos.