En 1942, volvió a Cleveland, donde enseñó técnicas de navegación al personal militar y participó en investigaciones militares secretas, continuando igualmente algunos estudios astronómicos en el Observatorio Warner y Swasey del Case Institute.

Seyfert trabajó eficazmente para mejorar el programa de enseñanza y encontrar fondos para construir un nuevo observatorio.

Seyfert se convirtió en director del nuevo observatorio, posición que ocupó hasta su muerte.

Carl Seyfert publicó muchos artículos en publicaciones astronómicas, sobre una gran variedad de temas dedicados a la astronomía estelar y galáctica, así como sobre los métodos de observación e instrumentos.

En 1943, publicó un artículo sobre las galaxias de núcleo brillante que emitían luces con una línea espectral particularmente ancha.