Captain Commando, un superhéroe que vive en una futurista Metro City en el 2026, debe detener los crímenes de Scumocide (Genocide en Japón) para salvar la tierra y la galaxia.

Pero Captain Commando no está solo: él recibirá la ayuda de Mack, Ginzu y Baby Head.

Los ataques rápidos de Mack son "Double Trouble" que clava a su enemigo con ambos cuchillos y "Sky Assault", que es una versión aérea de Double Trouble.

El Baby Commando es un infante súper genio que lucha usando un robot de su propio diseño.

Baby Head puede agarrar a sus enemigos y hacer una patada de rodilla, un "apilador" o un "Fling-away".

La versión arcade permite hasta dos, tres o incluso cuatro jugadores simultáneamente, dependiendo de la configuración del juego.

La configuración de control es exactamente como "Final Fight", con un joystick de ocho direcciones para mover al personaje hacia la izquierda o hacia la derecha, así como hacia o lejos del fondo, junto con dos botones de acción para atacar y saltar.

El jugador puede realizar numerosas combinaciones de ataques mientras está de pie o saltando, incluido agarrar al enemigo, así como un ataque especial al presionar el ataque y saltar simultáneamente que drenará una parte de la vitalidad del jugador.

Como en "Final Fight", el jugador puede recoger alimentos que restauran la salud escondidos dentro de barriles para restaurar su vitalidad, así como otros elementos de bonificación para aumentar su puntuación.

Los jugadores también pueden montar ciertos robots desmontando de sus jinetes y luego saltando sobre el robot.

Los robots tienen su propio indicador de vitalidad y, si sufren suficiente daño, serán destruidos.

Todos los juegos de Capcom lanzados para la NES entre 1986 y 1988 (1942, Commando, Ghosts 'n Goblins, Mega Man, Trojan, Section Z y Gun Smoke) fueron lanzados como parte de la "Serie Captain Commando Challenge" y presentaban un dibujo del Capitán en la parte posterior del embalaje, que lo representaba como un héroe espacial "futurista" empuñando una pistola de rayos en cada mano y dos grandes medallones alrededor de su cuello con la letra "C" grabada en cada uno.

Captain Commando regresaría como un personaje jugable en el juego de lucha Marvel vs.

Su movimiento especial "Commando Strike", así como sus dos Hyper Combos (el "Capitán Espada" y el "Capitán Tormenta"), lo tienen convocando a sus "Compañeros" para atacar a su oponente.