Los canutos mantienen hoy día numerosas especies vegetales propias de la flora terciaria europea, gracias a las peculiares características climáticas que ha mantenido la región.
La región mantuvo durante el terciario superior, los últimos bosques tropicales europeos al amparo de las elevadas sierras y la humedad creada por los vientos del estrecho de Gibraltar.
[2] Típicamente en este tipo de formación vegetal, la zona de mayor humedad, cercana al río o al arroyo, está ocupada por Alnus glutinosa y Fraxinus angustifolia.
Ascendiendo en el valle encontramos adelfa, quejigo andaluz, ojaranzo y multitud de especies de helechos como Psilotum nudum, helecho real, Dryopteris affinis, Polystichum setiferum, Culcita macrocarpa, Asplenium scolopendrium, Christella dentata o Davalia canariensis.
El estrato siguiente está formado por especies de hoja lauriode como avellanillo, laurel, acebo y por especies arbóreas mediterráneas como alcornoque, coscoja, acebuche o encina, junto a otras especies de extensión geográfica muy limitada como Hedera canariensis o Ruscus hypophyllum y un sotobosque propio del monte mediterráneo.