Forma parte de la Asociación de Universidades Jesuitas (AJCU), en la que se integran las 28 universidades que la Compañía de Jesús dirige en los Estados Unidos.
La universidad fue fundada en 1870 por la Compañía de Jesús.
Su nombre está dedicado a San Pedro Canisio (Petrus Canisius), Jesuita neerlandés del siglo XVI.
Los equipos deportivos de Canisius se denominan Canisius Golden Griffins, y compiten con 16 equipos en División I de la NCAA, en la Metro Atlantic Athletic Conference, excepto en hockey sobre hielo, que lo hace en la Atlantic Hockey.
Mantiene una rivalidad deportiva histórica con otras dos universidades católicas del estado de Nueva York: Niágara, y San Buenaventura.