La parte norte del canal se entrelaza con las respectivas ensenadas de Chilkat, Chilkoot y Taiya.

El Atahualpa lo inspeccionó en 1801 y su bitácora menciona una visita comercial anterior de un barco no identificado.

Sin embargo, en las décadas de 1970 y 1980 el flete disminuyó a medida que la actividad minera se redujo en el interior y hoy en día se envía muy poco cargamento por el canal de Lynn.

Actualmente el transporte en el canal es proporcionado por transbordadores de la empresa Alaska Marine Highway.

También existen taxis acuáticos y transbordadores comerciales disponibles, pero el AMHS es, de lejos, el más utilizado.