En 1512, el rey Manuel I concede el Fuero Nuevo (Foral Novo) a la villa de Campomayor.

Campomayor fue, durante algún tiempo, el principal cuartel general de las tropas mercenarias holandesas desplegadas en el Alentejo.

En ese momento, el pueblo se convirtió en el centro militar más importante del Alentejo, después de Elvas.

Habiendo conseguido abrir una brecha en uno de los baluartes, el invasor, al pretender entrar por allí, sufrió fuertes bajas que le obligaron a levantar el sitio.

El pueblo que hasta entonces contaba con una sola parroquia urbana se divide en las dos actuales, Nossa Senhora da Expectação y São João Baptista, en 1766.

El levantamiento campomayorense contra la ocupación napoleónica saldrá victorioso gracias al apoyo del ejército de Badajoz que permanece en la localidad durante casi tres años.

En 1867, se intentó extinguir Campomayor como sede municipal, anexándolo al condado de Elvas.

En 1926 se añade al municipio su única parroquia rural, Nossa Senhora da Graça dos Degolados.