Dependiendo de cada conferencia, los campeones se deciden tras un torneo, o bien por los puntos conseguidos en la liga regular entre sus equipos.
Las 22 conferencias que otorgan este derecho a sus campeones son: Los 26 equipos restantes se clasifican por invitación (at-large bids) de la NCAA.
La decisión se toma por un comité con representantes de las ocho regiones que componen la NCAA, que utilizan varios criterios, siendo el más importante el Rating Percentage Index (RPI), utilizado también para el torneo de baloncesto, y que se basa en una fórmula matemática diseñada para medir los calendarios y los resultados de cada equipo en la liga regular.
16 equipos pasan directamente a la segunda ronda, mientras que los otros 32 se enfrentan siguiendo criterios de proximidad geográfica en el campo del más fuerte.
Las semifinales y final (College Cup) se disputan en una sede neutral única.