La Academia Alfaro Moreno revalidó su título de la temporada 2012 y se coronó bicampeón.
La primera etapa se jugó en dos grupos conformados por nueve equipos el primero y ocho el segundo, con el sistema de todos contra todos pero con partidos de una sola vuelta, obtuvieron la clasificación a la siguiente ronda solo los cuatro primeros de cada grupo.
La tercera etapa o final se jugó como un cuadrangular final, con partidos de ida y vuelta en el sistema de todos contra todos, y así el líder salió campeón, y el segundo como subcampeón; ambos obtuvieron un cupo para el torneo de Segunda Categoría nacional.
Al no haber paridad debido a que el torneo constaban de 17 clubes, se decidió que el primer grupo esté conformado 9 equipos, quedando los 8 restantes conformando el segundo grupo.
El grupo 1 estaba conformado por el Academia Alfaro Moreno, 9 de Octubre, Patria y L.D.